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一、产品概述

1.1 m6A-seq概述

m6AN6-methyladenosineRNA腺嘌呤第6位氮原子上的甲基化修饰,是真核生物mRNA上罕见的一种转录后修饰。m6A修饰在瘦削、癌症、突触信号通报、精子发育、卵子产生、干细胞分解、减数破裂、昼夜节律等生物学历程发扬紧张作用。m6A修饰历程中有三大类酶发扬紧张作用,辨别是WritersErasersReadersWritersm6A甲基转移酶(m6A methyltransferase )次要包罗METTL3METTL14WTAP等。去甲基化酶包罗FTOALKBH5等。辨认甲基化酶包罗YTH布局域卵白、hnRNP以及eIF等。m6A残基散布在mRNA5′UTR3′UTR,中心motifG[G/A]A*CU*表现潜伏的m6A位点)。次要影响mRNA的可变剪切、调治mRNA的翻译及降解。m6A-seq是基于免疫共沉淀的原理联合测序在全转录组程度上定位m6A修饰。

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From Roundtree et al (2017) Cell,Dan et al(2014)Science


1.2 实行流程

1.2.1 人、小鼠、大鼠样本

人、小鼠、大鼠的MeRIP-seq最低只需1 μg total RNA为理解决临床样本或宝贵样本量少的题目,j9九游生物研发了基于去核糖体建库的微量RNAMeRIP-seq技能。克日,j9九游生物在该技能的底子上优化晋级,利用1 μg total RNA可以波动取得mRNAlncRNA上的m6A修饰图谱。

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1.2.2 非人非鼠物种样本

非人非鼠物种(人、小鼠、大鼠以外的物种)也可以做MeRIP-seq 2013年,Dan Dominissini等在nature protocol上初次宣布了MeRIP-seq protoco,该办法必要约300 μg total RNA。j9九游生物对该技能举行优化,运用到非人非鼠物种上,而且肇始total RNA量降至150 μg

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二、案例剖析

Wen J, Lv R, Ma H, et al. Zc3h13 Regulates Nuclear RNA m 6 A Methylation and Mouse Embryonic Stem Cell Self-Renewal.(Molecular Cell, 2018, IF=3.905)

m6A是真核生物mRNA品貌较高的一种修饰,经过影响mRNA的波动性、可变剪切、转运和翻译来静态的调治mRNAZC3H13是一种锌指卵白,在介导细胞核中RNAm6A甲基化发扬紧张作用。在小鼠的胚胎干细胞中敲除Zc3h13低落了mRNA的全体m6A程度。Zc3h13敲除之后,大局部的WTAP、 VirilizerHakai转移到细胞质中,标明Zc3h13关于Zc3h13-WTAP-Virilizer-Hakai复合物的细胞审定位是必须的。敲除Zc3h13WTAPVirilizerHakai,影响了mESCs的干性,进而促进小鼠胚胎干细胞分解。简言之,Zc3h13在细胞核中锚定WTAPVirilizer和 Hakai复合物进而核中促进核中RNAm6A甲基化,维持了mESC的自我更新。

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Yoon K J, Ringeling F R, Vissers C, et al. Temporal Control of Mammalian Cortical Neurogenesis by m6A Methylation. (Cell, 2017, IF=36.216)

m6A被一种甲基化转移酶复合物Mettl3/Mettl14所催化,是一种广泛mRNA外部修饰。在胎鼠脑中敲除Mettl14招致了m6A修饰的扫除,延伸了RGCs细胞周期,胚胎期的皮层推延了出生后。Mettl3knockdown招致的征象与Mettl14敲除相似。胎鼠皮层的m6A测序展现了富集m6A修饰的mRNA与转录因子、神经产生、细胞周期、神经分解有关以及产生了m6AmRNA会被降解。m6A修饰也调控人前脑类器官的神经产生。经过人和鼠皮质神经产生历程中含有m6A修饰的mRNA比力,研讨职员发明这些产生修饰的转录本与人脑混乱的基因相干。简言之,本研讨经过基因搅扰和m6A测序展现了哺乳植物神经产生历程直达录调控的表观机制。

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