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单细胞ATAC-seq
单细胞ATAC-seq


1、2015 年,斯坦福大学 William Greenleaf 和 Howard Y Chang 持续发力,经过将 ATAC-seq 联合微流控技能,推出了晋级版本单细胞 ATAC-seq(scATAC-seq),文章宣布于 Nature。

在 scATAC-seq 中,经过一个步伐化的微流控平台捕捉单个细胞,随后在一个整合的流体学集成环路(integrated fluidics circuit,IFC)上举行转座酶切和 PCR,接纳文库,并经过带有 barcode 的引物举行 PCR 扩增;随后将单细胞的文库混淆并举行高通量测序。

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图 scATAC-seq实行流程


2、现在单细胞测序最常用的平台为 10x Genomics。2019 年 3 月,j9九游生物单细胞ATAC-seq 经过美国 10x Genomics 公司的 CSP 认证。

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作为国际较早展开 ATAC-seq 办事的团队,j9九游生物于 2018 年 8 月 1 日宣布启动“十万样本 ATAC-seq 方案”,该方案遭到北京大学李程传授和同济大学江赐忠传授的高度点评。)“十万样本 ATAC-seq 方案”自展开以来,广受好评,积聚了丰厚的 ATAC-seq 履历。在此底子上,j9九游生物于 2019 年进一步推出了单细胞 ATAC-seq 项目,并经过了 10x Genomics 的 CSP 认证,进一步标明了该公司在展开单细胞 ATAC-seq 办事上的气力。


  表 j9九游生物数据与10X官网数据的细致比拟

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单细胞 ATAC-seq 完成了单细胞染色质开放性的可视化,单细胞 RNA-seq 完成了单细胞基因表达程度的可视化,二者相联合可在转录程度和转录后程度片面理解基因调控网络。为此,公司还推出单细胞 ATAC-seq 和单细胞 RNA-seq 团结项目,进一步协助研讨职员从单细胞程度深化发掘基因表达静态调控机制。

 

自 2019 年 3 月起,j9九游生物正式在天下范畴内展开了单细胞 ATAC-seq 和单细胞 RNA-seq 上门办事,样本掩盖了小鼠脾脏构造、小鼠肺脏 T 细胞、人肝癌及癌旁构造、人胎盘构造等等。现在下机的正式项目中,数据质量所有达标,接待列位研讨职员前来征询探究!



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