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单细胞V(D)J
单细胞V(D)J

一、产品概述


免疫组库是指在任何指定工夫,某个个别的循环体系中一切功效多样性B细胞和T细胞的总和。人体淋巴细胞次要包罗T细胞(80%-90%)、B细胞(10%-20%)。B细胞上卖力辨认并特异联合抗原的膜外表免疫球卵白,j9九游称为B-cell receptor(BCR),BCR是由两条重链和两条轻链构成。T细胞上特异辨认并特异联合抗原的分子为T cell receptor(TCR), TCR分子也属于免疫球卵白超家属, 由α、β两条肽链构成。编码BCR/TCR的4个基因簇V(可变区)、D(高变区)、J(编码卵白毗连v、c区的联合区)、C(恒定区) ,B(T)细胞经过V(D)J重组,使BCR/TCR基因序列极为丰厚,但细胞只表达一种特定的BCR(TCR),也便是只能辨认一种抗原。免疫体系的多样性对机体安康至关紧张,多样性越高,免疫体系就越壮大。机体的取得性免疫能辨认有数种抗原分子,并随之做出反响。10X Genomics平台,可以同时获取5’基因表达的数据和 TCR/BCR 的V(D)J 全长序列。

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ChromiumTM Single Cell Immune Profiling Solution

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实行原理


传统的免疫组库研讨技能每每只能检测TCR和BCR一条链的信息,而10X Genomics单细胞免疫组库测序可以同时获取TCRα链和β链、BCR的重链和轻链以及一个细胞内的组合信息。

便是在液体油层毁坏后,cDNA一分为二,后续同时举行基因表达和免疫组库文库构建;此中TCR大概BCR的V(D)J序列经过一或更多设计在TCR大概BCR、Ig的C地区的巢式PCR引物,举行富集。

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三、使用偏向


  • 免疫组库可以捕获肿瘤产生时免疫微情况的变革,寻觅免疫医治的靶点,从而帮助免疫医治更好的抗击肿瘤。


  • 器官大概骨髓移植时,常常会诱发宿主排挤反响的产生,从而产生慢性移植抗宿主病。


  • 本身免疫免疫性疾病是由于机体对本身抗原产生免疫反响而招致本身构造侵害所惹起的疾病。


  • 免疫组库在熏染性疾病、抗体开辟、用药及疫苗评价等多个方面均有使用代价。比方经过免疫组库研讨,可以检测熏染类疾病历程中的免疫静态变革;在抗体开辟方面,可以取得特性性的BCR(Ig)序列,延长抗体开辟的流程;也可以针对某种疾病用药后的外周血样本举行评价,确认药物能否引发免疫反响及其成效。

 

四、使用案例


案例一

A cell atlas of human thymic development defines T cell repertoire formation.(Science,2020,IF=41.848)

研讨职员对 15 个孕期 7-17 周的胚胎和胎儿胸腺构造、9 个儿童和成人的胸腺构造举行单细胞测序,绘制出一个片面的胸腺发育图谱,并对细胞范例举行了正文,判定出 42 个细胞亚群。研讨判定出 2 个成纤维细胞和 2 个上皮细胞新亚群,并利用原位测序(RNA smFISH)技能确定了其在胸腺中的空间地位。

基于单细胞转录组后果,构建了 T 细胞的发育轨迹,包罗传统 T 细胞(conventional T cell)和非传统 T 细胞(unconventional T cell ),绘制了 T 细胞谱系发育相干转录因子调控网络图。

经过剖析单细胞转录组和单细胞 TCR 测序的数据,发明在 TCR 构成历程中,V(D)J 基因的利用具有很强的偏好性,并在多种 T 细胞亚群中举行了验证。


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案例二

 Liver Immune Profiling Reveals Pathogenesis and Therapeutics for Biliary Atresia.(Cell,2020,IF=38.638)

胆道闭锁(Biliary atresia, BA)是一种可招致婴儿肝衰竭的严峻肝胆疾病,但是其致病机制仍旧悬而未知。接纳单细胞转录组和单细胞免疫组库测序技能,作者发明患有BA的婴儿体现出巨噬细胞的消炎作用、枯否细胞扫除功效毁伤,细胞毒T细胞扩张,CX3CR1+效应T细胞和天然杀伤(NK)细胞的增加。同时,发明BA婴儿的肝脏B淋巴细胞增殖在出生后并未中止,且免疫缺陷招致IgG本身免疫抗体的积聚。在猕猴-轮状病毒(RRV)诱导的BA模子中,B细胞耗竭大概阻断抗原呈递可以改进肝脏毁伤。临床实行还证明利妥昔单克隆抗体可以无效的增加肝脏B细胞,规复巨噬细胞、枯否细胞和T细胞到比较组的程度,标明对BA的婴儿患者举行的B细胞干涉大概对加重肝脏病理无效。


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