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一、产品概述

CUT&TagCleavage Under Targets and Tagmentation, CUT&Tag)是一种研讨卵白质与DNA互作的新办法。该办法经过分子生物学手腕将高活性的Tn5转座酶与Protein A交融,并装载建库讨论引物构成pA-Tn5转座复合物。在抗体的引导下该pA-Tn5转座复合物可靶向切割目标卵白左近的DNA序列。与传统ChIP-Seq相比,该技能无需交联与超声打断操纵,躲避了其所惹起的抗原决议簇遮掩和样本丧失题目,进步了信噪比,并使所需细胞量增加(可低至60个)。与CUT&Run相比,该技能在pA-Tn5转座复合物举行切割时在切割片断的两头加上讨论序列,可间接PCR建库,无需末了抹温和讨论毗连的操纵,省时高效。

CUT&Tag技能可从基因组范畴内检测组卵白、RNA polymerase II和转录因子等卵白质联合的DNA区端,使用于临床和科研的表观遗传学研讨。或是联合生物信息学剖析,找到转录因子卑鄙调控的靶基因,为进一步分析生物学机制提供根据。   

CUT&RUN,全称为cleavage under targets and release using nuclease,由美国Fred Hutchinson癌症研讨中心的Steven Henikoff团队开辟。该技能的次要特点是,它可以在完备的细胞或细胞核上举行,无需甲醛牢固或超声处置。细胞颠末透化处置(扩孔)后与目的抗体孵育,抗体进入核内与目的卵白联合;细胞再与卵白A/G毗连的MNase孵育,目的抗体Fc段联合Protein A-MNase或Protein A/G-MNase。然后激活MNase酶切割联合位点双方的染色质,这些颠末切割的片断分散到细胞核外,而未切割的局部留在核内,可大大低落配景。之后从上清液中搜集DNA片断并测序。

 

二、实行流程

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CUT&Tag

细胞先与包被刀豆卵白A的磁珠(Concanavalin A-coated magnetic beads, ConA beads)吸附联合,利便后续操纵。用非离子去污剂洋地黄皂苷(Digitonin)举行细胞穿孔后,顺次孵育针对靶卵白的一抗、响应的二抗、pA-Tn5交融卵白。此中pA-Tn5中的pA可以辨认二抗的Fc地区,Tn5酶在参加Mg2+后定向切割靶卵白左近的DNA序列。且Tn5酶举行切割时会在切割片断的两头加上讨论序列,因而切割产品可以间接PCR扩增建库,经纯化后用于高通量测序。


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CUT&RUN

未牢固的核(1)栓在lectincoated磁珠上;

(2)先后与抗体和卵白A-MNase(pA-MN)孵育,其次是复杂的洗濯;

(3)在冰上与Ca++混淆,启动裂解反响,之后使用螯互助用中止数秒到数分钟;

(4)离心包括开释的TF-DNA复合物的下层清液,从而举行规复。

(5)提取上清液中的DNA,建库测序。

 

三、使用范畴

一样平常利用奇怪细胞、梯度冻存细胞、奇怪构造或是冰冻构造举行实行,可以普遍使用于哺乳植物的卵白与DNA互作研讨。酵母和动物等生物范例可经过废除细胞壁大概提取细胞核来举行实行。

 

四、技能上风

实行质料无需交联,原位(In situ)操纵;

信噪比高,所需测序深度增加,性价比高;

实行可反复性好;

省时高效,从细胞搜集到测序文库构建仅需1-2天。

 

五、客户文章

Telomere-to-telomere assembly of a fish Y chromosome reveals the origin of a young sex chromosome pair.(Genome biol.IF=13.584.2021)

该研讨联合三代测序和Hi-C数据从染色体层面上无效地组装大刺鳅单倍型基因组。该基因组包括大少数染色体的亚端粒和着丝粒四周异染色质序列,包罗X和Y染色体。SLR位于着丝粒四周地区,标明先人的低重组地区可以发生SLR而不必要选择重组克制。

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